Dans le cadre de la transition alimentaire menant à la consommation d’aliments à plus faible impact carbone, la fermentation est un moyen durable et intéressant pour créer des aliments sûrs, sains et bons. Nous avons développé la base de données Florilège (http://migale.jouy.inra.fr/Florilege/) qui rassemble des données utiles pour choisir les ferments à mettre en oeuvre et les paramètres de conduite de la fermentation.
Depuis l’Antiquité, les bactéries et les levures d’intérêt alimentaire sont utilisées de façon traditionelle pour fermenter des matières premières d’origine animale ou végétale. Depuis un siècle, la compréhension du fonctionnement des aliments fermentés nous a amené à isoler, conserver, caractériser et produire des ferments garantissant la maitrise de la qualité des produits fermentés. Lors des fabrications industrielles, les espèces et souches de bactéries et de levures sont désormais choisies en fonction (i) de leur capacité à croitre dans la matière première à fermenter, (ii) des conditions de procédés (t°, temps, O2, sel), (iii) de leur capacité à acidifier, texturer, produire différents métabolites d’intérêt santé ou organoleptique, (iv) de leur disponibilité. Toutes ces données sont éparpillées dans des publications, des sites internet, des brevets, des bases de donnée. La base de donnée Florilège les rassemble.
En utilisant les compétences de microbiologie, d’ontologie, de fouille automatique de texte du corpus Pubmed, nous avons créé une base de donnée avec une interface Web de requêtage multiple. Florilège indique pour chaque souche : le biotope d’isolement, la taxonomie, les phénotypes, les propriétés techno-fonctionnelles et l’innocuité. Florilège a été utilisée avec succès dans l’AIC Millup visant à fermenter un mélange de lupin et de lait, dans le projet privé IBIS visant à réaliser plusieurs yaourts à base de jus de soja biologique.
Florilège a donc été un vecteur d’innovation pour la valorisation de protéines végétales durables de légumineuses essentiellement sur des critères d’aptitude à acidifier et aromatiser. Florilège également peut être utilisée pour la fermentation de nouvelles matières premières. En combinaison avec des approches -omiques, elle peut permettre d’identifier dans un produit traditionnel des souches porteuses de phénotypes d’intérêt.
L’interface de requête devrait bientôt permettre d’accéder à la disponibilité des souches des Centre de Ressources Biologiques Microbien français. La capacité à synthétiser et dégrader des molécules nécessite une collaboration avec des chimistes pour l’intégration d’une ontologie exploitable en fouille automatique de texte.
Contact :
Hélène Falentin
Ingénieure de recherche
UMR Science et Technologie du Lait et de l’Œuf
helene.falentin@inrae.fr
